La seconde partie commence deux ans et demi après ; Naruto, Sakura et Sasuke ont chacun terminé leur apprentissage avec un des trois Sannin, tandis que l'Akatsuki commence à capturer les démons et leurs hôtes.
L'histoire commence avec l'enlèvement de Gaara, devenu kazekage, que l'équipe Gai et l'équipe Kakashi envoyées à la rescousse par Konoha, réussiront à tirer des griffes d'Akatsuki et à ramener à la vie, avec l'aide d'une aïeule de Suna.
Ayant obtenu un renseignement sur Orochimaru lors de cette mission, l'équipe Kakashi, complétée par Sai, un mystérieux membre imposé par Danzo dont la mission secrète est l'assassinat de Sasuke, et par un membre de l'ANBU aux ordres de Tsunade (le capitaine yamato), qui remplace Kakashi alité en tant que chef, part à la recherche d'Orochimaru pour tenter d'empêcher le transfert d'âme. Naruto, face à Orochimaru se transforme en démon renard à 4 queues et fait armes égales avec le Sannin ; Sai choisit ce moment pour trahir l'équipe et débuter sa mission réelle. Les deux missions seront mises en échec par la puissance du « nouveau » Sasuke, mais Naruto, parvenu au repère d'Orochimaru avec le reste de l'équipe retournera le c½ur de Sai, celui-ci voulant de ce fait à tout prix comprendre la nature des liens d'amitié qui poussent Naruto à aller si loin pour Sasuke.
De retour à Konoha, Naruto déprimé d'être si faible par rapport à Sasuke, commence un nouvel entraînement supervisé par Kakashi et destiné à lui faire maîtriser son affinité ninjutsu pour l'ajouter au Rasengan. Pendant ce temps, 2 membres de l'Akatsuki pénètrent au pays du Feu et massacrent tous les moines d'un temple, inquiétant grandement au village de Konoha. Envoyés sur les traces des ennemis, l'équipe d'Asuma (composée d'Asuma, Shikamaru et deux jōnins de Konoha) se retrouvera face à eux. Malheureusement, sans connaissance de la puissance des ennemis, Asuma se fera tuer et le reste de l'équipe, malgré le renfort de Chōji, Ino et 2 Jōnins supplémentaires, ne devra son salut que par le départ des deux ennemis appelés à une autre tâche urgente. Shikamaru, qui s'est senti impuissant face à la mort de son sensei combat alors ses démons ; après avoir élaboré une stratégie, il part avec le reste de l'équipe 10, venger son ancien maître. Kakashi les rejoint à la porte de Konoha pour les aider. Pendant que Shikamaru s'occupe de Hidan, l'assassin d'Asuma, le reste de l'équipe est en grandes difficultés face à l'autre ennemi. Apparaît alors Naruto (accompagné de Sakura, Sai et Yamato) qui a quasiment fini de mettre au point sa nouvelle technique qu'il utilisera sur Kakuzu, appelée Rasengan Shuriken (l'orbe shuriken). Vainqueurs, les ninjas des 2 équipes rentrent à Konoha, où, après analyse, Tsunade interdit la nouvelle technique à Naruto, trop dangereuse pour ses propres cellules.
Pendant ce temps, Sasuke, considérant qu'il n'a plus rien à apprendre d'un Orochimaru affaibli qui de plus ne va pas tarder à prendre son corps décide de le tuer. Il part alors dans les différentes caches d'Orochimaru pour se constituer une équipe (hebi)à partir des sujets de tests les plus puissants du Sannin. Avec cette nouvelle équipe, composé de Juugo, Karin et Suigetsu, il part dans le but de trouver son frère et de le tuer.
